三国志幻想大陆中司马懿的伤害由绝技法术伤害、破凰百分比伤害、老谋深算真实伤害三部分构成，核心公式为：最终伤害=（绝技法术伤害+破凰伤害）×（1+增伤-减免+灭-抗）×（1+最终伤害-最终减免）+老谋深算真实伤害，其中老谋深算为真实伤害，不受增伤、减免等属性影响。
绝技是司马懿的核心输出手段，仅需20战意，列攻系数528%且命中人数越少伤害越集中，每命中1人叠加1层蛇影暗藏。绝技法术伤害计算为：自身攻击×528%×（1+绝技增伤-减免）×（1+最终伤害-最终减免），若处于翳影之躯变身状态，还会附加50%防御穿透，进一步放大对高防御目标的伤害。蛇影暗藏叠满后自动进入翳影之躯，期间每回合消耗一半层数且无法叠加，突破天赋可在进出变身时释放额外绝技，5火时能形成绝技三连发，爆发伤害拉满。
破凰是怒攻附加的持续伤害，对敌方前排造成132%法术伤害的同时，附加每回合当前生命15%的百分比伤害，上限为自身最大生命20%。该伤害可暴击并享受增伤、最终伤害加成，计算公式为：每回合伤害=敌方当前生命×15%（不超自身最大生命20%）×（1+增伤-减免）×（1+最终伤害-最终减免），持续2回合，是稳定的持续输出补充。
老谋深算是司马懿的真实伤害核心，从第2回合开始，非控制状态下普攻后对敌方全体造成自身防御力80%的真实伤害，敌方剩余人数越少伤害越高，最高可提升至240%（无双5级提升至300%）。真实伤害不受增伤、减免、抗灭、最终增伤、最终减免影响，也无法暴击和闪避，计算公式为：自身防御力×伤害系数（80%-240%/300%），实战中堆高防御即可稳定提升该部分伤害。
其他关键机制也会影响伤害：狼顾之相提供的野心每层增加5%最终减伤，最多8层，提升生存能力间接保障输出；进入和解除翳影之躯时会永久提升增减伤，且为内置增益无法被驱散；我方控制类绝技命中时可为司马懿叠加蛇影暗藏，加快变身频率，进而提升绝技释放次数和伤害。装备方面，破军套可提升绝技增伤，汲血套能通过高频绝技回血维持续航，天命优先选择暴击、增伤、减伤属性，最大化输出与生存。
