崩坏星穹铁道副本包含多种类型的Boss挑战，主要分为三类：凝滞虚影、历战余响和模拟宇宙。凝滞虚影是角色突破材料的主要获取途径，每种属性对应一个Boss，难度相对均衡，玩家只需根据弱点属性搭配角色即可应对。历战余响被称为周本，每周可挑战三次，目前开放了毁灭的开端和寒潮的落幕两个副本，需携带弱点属性角色以避免翻车，同时支持好友支援功能。模拟宇宙共有6个世界，其中世界4至6的Boss分别为史瓦罗、卡芙卡和可可利亚，挑战过程中需通过13个小关并收集命途Buff增强实力。
凝滞虚影副本的Boss设计围绕七种属性展开，包括毁灭、巡猎、智识、存护、丰饶、同谐和虚无。这些Boss的机制相对简单，但需要玩家合理配置队伍属性以高效击破弱点。历战余响副本的Boss则更具挑战性，例如毁灭的开端中的风暴列车·狮鹫，拥有狂暴的攻击模式和高额伤害，需通过团队协作和技能循环应对。寒潮的落幕中的移动破坏者·金刚则以高防御和范围技能著称，玩家需注意走位和资源分配。
模拟宇宙的高难度Boss战是副本系统的核心玩法之一。史瓦罗作为世界4的最终Boss，擅长召唤机械单位协同作战，玩家需优先清理小怪以减少压力。卡芙卡在世界5中登场，其精神控制技能可扰乱队伍行动，建议携带解控类角色。世界6的可可利亚拥有多阶段形态转换和全屏AOE技能，对队伍的生存和输出能力均有较高要求。
风暴列车·狮鹫在低血量时会进入狂暴状态，攻击频率和伤害大幅提升，需保留爆发技能应对。移动破坏者·金刚的护盾机制需要特定属性攻击才能快速破除，否则战斗时间会显著延长。机关巨兽·诸葛烈焰则会在场地召唤火焰陷阱，玩家需及时躲避或利用环境互动消除。
副本Boss的掉落奖励与挑战难度直接相关。凝滞虚影主要产出角色突破材料，历战余响则提供行迹升级材料和稀有光锥。模拟宇宙的奖励包括星琼、遗器和世界树等级经验，其中高难度世界的掉落品质更高。建议玩家根据当前养成需求选择优先级，周本和模拟宇宙的限次挑战应优先完成。
队伍配置是挑战Boss的关键因素。输出角色需针对Boss弱点选择属性，辅助角色应侧重增益或减伤效果，治疗角色则要保证团队续航。模拟宇宙中命途Buff的选择会显著影响战斗节奏，建议优先选取与队伍特性契合的强化选项。周本挑战可借助支援角色弥补队伍短板，但需注意阵容的整体平衡性。
